Быстрое и точное обнаружение мРНК в тканях растений

Изучая различные типы и количество молекул мРНК, присутствующих в организме в данный момент времени, исследователи могут определить, какие конкретные гены экспрессируются. Это, в свою очередь, дает потрясающее представление о генах, ответственных за производство различных морфологических форм (или фенотипов).

Ученые обычно полагаются на методы гибридизации in situ (ISH) (с использованием мРНК-специфичных зондов) для определения наличия или отсутствия определенных молекул мРНК в тканях растений. Однако большинство традиционных методов ISH требуют больших затрат времени и труда и не обладают чувствительностью, необходимой для точного количественного определения степени экспрессии каждого гена.
В новом исследовании, опубликованном в апрельском выпуске журнала Applications in Plant Sciences, исследователи из Dow AgroSciences демонстрируют эффективность нового метода ISH, называемого RNAscope ISH, для изучения экспрессии генов в растениях.

В отличие от традиционных подходов, RNAScope ISH значительно быстрее и высокочувствителен, что позволяет исследователям не только обнаруживать, но и с уверенностью количественно определять уровни экспрессии интересующих генов.
RNAScope ISH был разработан Advanced Cell Diagnostics (ACD) Inc., изначально для изучения экспрессии генов в тканях животных (и особенно человека). Это тип ISH с разветвленной ДНК, в котором используются пары Z-зондов, которые очень специфичны для генов-мишеней, но также достаточно малы, чтобы легко диффундировать в исследуемые ткани.

Как только Z-зонды связываются с интересующими молекулами мРНК, это позволяет молекулам-меткам также связываться, что затем делает молекулы мРНК обнаруживаемыми либо с помощью флуоресценции, либо с помощью хромогенного обнаружения.
По словам доктора. Эндрю Боулинг, ведущий автор статьи и научный сотрудник Dow Agrosciences, обнаружил, что молекулы мРНК выглядят как отдельные точки внутри клетки, что упрощает интерпретацию результатов экспрессии.

"Этот метод имеет очень низкий фоновый уровень, что позволяет повысить уверенность в полученных результатах. При использовании традиционного метода всегда была точка, в которой вы пытались определить, была ли одна ткань или клетка «синее», чем другая, или «синее», чем контроль. При использовании метода RNAscope на экспериментальных участках есть пятна, а на контрольных участках нет.

Результаты очень четкие."
Боулинг добавляет, что RNAscope ISH также является очень доступным методом по сравнению с более традиционными подходами ISH.

"Поставщик предоставляет услуги по проектированию и синтезу зондов, что значительно сокращает набор навыков, необходимых для проведения успешного эксперимента ISH. Вам не обязательно быть экспертом по транскрипции РНК in vitro (или сотрудничать с ним), чтобы создавать меченые зонды. Вам не нужно синтезировать плазмиды для расшифровки.

Вам не нужно проводить Нозерн-блоттинг, чтобы подтвердить эффективность и специфичность. Это все часть услуг по проектированию и синтезу зондов.

Кроме того, от отправки им по электронной почте последовательности до получения от них зонда по почте проходит всего около двух недель."
"Кроме того, метод [RNAScope ISH] быстрее. На проведение эксперимента уходит около 8-10 часов. Классические методы ISH иногда могут потребовать одну или даже две инкубации в течение ночи."

Оставьте комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.