Группа исследователей из Центра баз данных по наукам о жизни (DBCLS) и Национального института генетики (как в Исследовательской организации информации и систем) разработала веб-инструмент RefEx, который упрощает поиск и просмотр уровней экспрессии каждого гена. найти ссылку на анализ экспрессии генов.RefEx содержит данные от трех видов организмов, человека, мыши и крысы, полученные из нормальных тканей и клеточных линий (всего 556 тканей / клеточных линий), измеренные четырьмя различными методами (EST, GeneChip, CAGE и RNA-seq). Все данные взяты из общедоступных баз данных, в том числе из проекта FANTOM5. Когда станет доступно больше данных о публичных высказываниях, RefEx включит их и станет более полезными и точными.
Наряду с обширным сбором данных об экспрессии генов RefEx позволяет сравнивать состояние экспрессии генов в каждой ткани / клетке с разницей между методами измерения. Вы можете искать данные для определенной группы генов просто по имени гена или онтологии гена и фамилии. Кроме того, вы можете выбрать «гены, специфичные для ткани / клетки», а именно гены-маркеры, представляющие характеристики ткани / клетки, рассчитанные путем применения единого метода ко всем накопленным общедоступным данным, щелкнув значки тканей на верхней странице RefEx.
Результат поиска / выбора показывает сравнение относительных уровней экспрессии среди тканей и среди четырех методов измерения, а относительное количество экспрессии отражается в виде тепловой карты в 3D-модели человеческого тела. Вы также можете сравнить аннотационную информацию (генную онтологию и т. Д.) О функциях, назначенных генам, в результатах поиска.
Эти функции поддерживают открытие новых знаний и построение гипотез.Используя RefEx, исследователи могут подтвердить уровень экспрессии интересующих генов во многих тканях или клетках в нормальных условиях без лабораторных экспериментов.
Это также полезно в качестве инструмента для изучения взаимосвязи генов, обнаруженных в функциональном анализе, для выяснения биологических явлений и интерпретации результатов исследований, ведущих к разработке лекарств и т. Д. Таким образом, ожидается, что RefEx внесет вклад в широкий спектр наук о жизни и медицинских исследований. мощный веб-инструмент для анализа экспрессии генов.