Оригинальное исследование, опубликованное в журнале Frontiers in Molecular Biosciences, показывает, что метод OncoFinder значительно снижает количество ошибок, вносимых экспериментальными методами в масштабе всего транскриптома. Ученые сравнили данные экспрессии генов для одних и тех же биологических образцов, полученные с помощью секвенирования следующего поколения (NGS) и методов микроматрицы, обнаружив, что эти разные методы почти не имеют корреляции между значениями экспрессии генов для всех проанализированных наборов данных.
Напротив, когда к данным применялся алгоритм OncoFinder, наблюдалась четкая корреляция между секвенированием следующего поколения и наборами данных экспрессии генов на микрочипах.«В течение нескольких лет потенциал использования данных об экспрессии генов в исследованиях и клинических применениях недооценивался из-за несогласованности данных, поступающих от различных типов оборудования. Слишком много вариаций и сложности при сравнении огромного количества отдельные гены. Но когда эта сложность снижается и экспрессия гена отображается на сигнальных путях, мы можем оценивать дрейф активации пути и анализировать изменения и переходы гораздо эффективнее.
Алгоритм OncoFinder позволяет ученым более точно характеризовать функциональные состояния транскриптомов чем раньше, и мы надеемся, что этот метод станет предпочтительным в генетике, физиологии, биомедицине и молекулярной диагностике », — сказал Алексей Жаворонков, доктор философии, директор BGRF и соавтор исследования.