Глобальные перекрестные помехи ограничивают регуляцию генов

В исследовательской статье «Внутренние пределы регуляции генов посредством глобальных перекрестных помех», опубликованной 4 августа в журнале Nature Communications, научный сотрудник IST Тамар Фридлендер, аспирант Рошан Призак и профессора Калин Гет, Ник Бартон и Гаспер Ткачик построили биофизическую модель перекрестных помех в транскрипции. регуляция, которая учитывает все перекрестные взаимодействия между регуляторами и их сайтами связывания. Они определяют параметры, которые имеют большое влияние на серьезность перекрестных помех. Хотя некоторые из этих параметров трудно оценить, они показывают, что существует нижняя граница перекрестных помех по отношению к этим параметрам.

Это подразумевает существование «уровня перекрестных помех», который невозможно преодолеть, даже если концентрации TF были оптимально скорректированы клеткой и компенсированы секвестрацией в нераспознанных сайтах.
Хотя большинство биофизических ограничений были поняты на уровне отдельных генетических регуляторных элементов, исследователи обнаружили, что перекрестные помехи являются особенными: хотя они возникают локально из-за биофизических ограничений молекулярного распознавания, их кумулятивный эффект проявляется только в глобальном масштабе.

На уровне одного генетического регуляторного элемента перекрестных помех всегда можно избежать, увеличив концентрацию родственных TF или введя несколько сайтов связывания в промотор. Ограничения перекрестных помех становятся очевидными только тогда, когда эти же родственные TF действуют как непознаваемые TF для других генов или когда новые сайты связывания в промоторе резко увеличивают количество конфигураций связывания, не являющихся узнаваемыми.

Оставьте комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.