Исследование опубликовано 11 мая 2015 года в журнале PNAS.
«Связывание образца ДНК человека с базой данных« отпечатков пальцев »ДНК человека — это основа судебной генетики, которой уже несколько десятилетий. Мы показали, что такое же соединение возможно с использованием последовательностей ДНК микробов, населяющих человеческое тело — ДНК человека не требуется. Это открывает дверь для соединения образцов человеческого микробиома между базами данных, что потенциально может раскрыть конфиденциальную информацию о субъекте — например, инфекцию, передаваемую половым путем, которую можно обнаружить в самом образце микробиома », — сказал ведущий автор Эрик Франзоса, научный сотрудник Кафедра биостатистики Гарвардского Чана.
Франзоза и его коллеги использовали общедоступные данные о микробиоме, полученные в рамках проекта «Микробиом человека» (HMP), в рамках которого были исследованы микробы в стуле, слюне, коже и других участках тела от 242 человек в течение нескольких месяцев. Авторы адаптировали классический алгоритм информатики, чтобы объединить стабильные и отличительные признаки последовательности из исходных образцов микробиома отдельных людей в индивидуальные "коды".Затем они сравнили коды с образцами микробиома, собранными у тех же людей при последующих посещениях, и с образцами от независимых групп людей.
Результаты показали, что коды были уникальными среди сотен людей, и что большая часть микробных «отпечатков пальцев» людей оставалась стабильной в течение годичного периода выборки. Коды, построенные на основе образцов кишечника, были особенно стабильными: более 80% людей можно было идентифицировать в течение года после периода отбора образцов.
«Хотя вероятность возникновения каких-либо проблем с конфиденциальностью данных из-за чисто микробной ДНК очень низка, исследователям важно знать, что такие проблемы теоретически возможны», — сказал старший автор Кертис Хаттенхауэр, доцент кафедры вычислительной биологии и биоинформатики в Гарвардской школе Чана. «Возможно, еще более захватывающим является значение этого исследования для микробной экологии, поскольку оно предполагает, что наши уникальные микробные обитатели настроены на окружающую среду нашего тела — нашу генетику, диету и историю развития — таким образом, что они придерживаются нас и помочь со временем отразить менее дружелюбных микробных захватчиков."
Эта работа частично финансировалась контрактом NIH NIAID HHSN272200900018C (DG), NIH NHGRI U54HG004969 (для Broad Institute, DG), NIH NIGMS P50GM098911 (BJB), NIH NIAID R01 AI101018 (KPL), Danone Research PLDF-59 Wendy Garrett, CH), NIH NHGRI R01HG005969 (CH), ARO W911NF 11-1-0473 (CH) и NSF CAREER DBI-1053486 (CH).