Следовательно, растворитель является неотъемлемой частью, а также часто является неотъемлемой частью почти любой структуры макромолекулярного кристалла. Его неупорядоченные объемные компоненты, а также его упорядоченные составляющие различной природы необходимо учитывать при моделировании и уточнении.
Улучшение описания объемного растворителя с фундаментальной точки зрения во многом обусловлено развитием методов. При очистке объемного растворителя пользователи имеют ограниченный выбор, помимо выбора модели растворителя, и, следовательно, не так много возможностей для введения систематической ошибки или конкретных ошибок модели, с оговоркой, что неоптимальное маскирование иногда может привести к артефактам плотности.
Напротив, моделирование различной электронной плотности растворителя почти всегда требует вдумчивой интерпретации, а использование соответствующих инструментов для (автоматизированного) построения и проверки может значительно улучшить качество структурных моделей.В новой статье группа авторов исследует, как оценить общее содержание растворителя в макромолекулярном кристалле, как учесть и смоделировать неупорядоченный объемный растворитель и как правильно идентифицировать и моделировать отдельный электрон (или ядерный, в случае нейтронной дифракции). ) плотность упорядоченных молекул растворителя.
Авторы также подчеркивают, что моделирование биологически важной области интерфейса между молекулой белка и растворителем все еще не завершено, и необходимо разработать передовые модели растворителя для этих динамических областей.