Междисциплинарная группа исследователей из Университета Джорджа Вашингтона (GW) изучает более точные и быстрые методы идентификации бактериальных патогенов у пациентов с легочными инфекциями, которые могут привести к более целенаправленной антимикробной терапии с потенциально меньшими побочными эффектами и меньшими затратами. Секвенирование следующего поколения (NGS) образцов мокроты интубированных пациентов, как указано в их недавно опубликованной статье в Журнале клинической микробиологии, может позволить более целенаправленное лечение пневмонии у критически больных, что может снизить объем медицинской помощи. расходы, а также улучшить выживаемость.
«В настоящее время пациенты, у которых развивается пневмония после поступления в отделение интенсивной терапии, подвергаются лечению антибиотиками широкого спектра действия, что увеличивает стоимость, потенциально увеличивает риск развития устойчивости к противомикробным препаратам и создает большую вероятность неблагоприятного эффекта, связанного с антибиотиками», — сказал соавтор. -автор Гэри Саймон, М.D., Ph.D., Уолтер Дж.
Росс Профессор медицины и директор отдела инфекционных заболеваний Школы медицины и здравоохранения GW (SMHS). «В нашей статье мы показываем, что эти методы могут быть улучшены, если мы установим более точную микробиологическую причину."
NGS, или процесс определения последовательности ДНК генома и микробиома пациента, предоставляет средства для установления более точной микробиологической причины, по словам соавтора Тимоти Маккаффри, доктора философии.D., профессор медицины и директор отдела геномной медицины GW SMHS.
«Благодаря анализу данных, предоставленных NGS, мы смогли идентифицировать бактерии, ранее не идентифицированные стандартными микробиологическими методами», — сказал Маккаффри.
По мере того, как технический прогресс сокращает время обработки и секвенирования, методы на основе NGS могут в конечном итоге предоставить клиницистам быструю, точную, независимую от культуры идентификацию бактериальных, грибковых и вирусных патогенов и их профили чувствительности к антимикробным препаратам.
«Это позволит лечить пневмонию у более точной популяции пациентов», — сказал соавтор Марк Сигель, M.D., доцент медицины GW SMHS. "Используя эту технологию, врачи в будущем смогут более точно диагностировать причину пневмонии и соответствующим образом адаптировать свою терапию."
Ян Тома, M.D., Ph.D., MSHS, приглашенный доцент отдела геномной медицины и кафедры физиотерапии и медицинских наук в GW SMHS, разработала процедуру NGS с использованием самых передовых доступных методов секвенирования. «Это было сложное исследование, подтверждающее концепцию, и действительно междисциплинарное трансляционное исследование, которое, вероятно, будет внедрено в клиническую практику в ближайшем будущем», — сказал он.
Кейт Крэндалл, Ph.D., директор Института вычислительной биологии — новой междисциплинарной исследовательской стратегической инициативы в GW — и его группа исследователей внесли свой вклад в анализ данных NGS с помощью своего уникального биоинформатического инструмента PathoScope, многообещающего приложения для идентификации патогенов.
«Наш инструмент обеспечивает мощный статистический подход для анализа данных NGS и быстрого выявления и характеристики патогенов в образце пациента», — сказал Крэндалл. «Это действительно« персонализированная медицина », поскольку мы выявляем определенные штаммы бактерий, заражающих отдельных пациентов, и предоставляем врачам целевую информацию о лечении антибиотиками для каждого человека."