Команда, возглавляемая профессором Марком Палленом, профессором микробной геномики в Медицинской школе Уорика, работая с Хелен Донохью из Университетского колледжа Лондона и сотрудниками в Бирмингеме и Будапеште, попыталась использовать этот метод для идентификации ДНК ТБ в историческом образце.Термин «метагеномика» используется для описания открытого секвенирования ДНК из образцов без необходимости культивирования или целевой амплификации или обогащения. Этот подход позволяет избежать сложных и ненадежных рабочих процессов, связанных с культивированием бактерий или амплификацией ДНК, и основан на замечательной пропускной способности и простоте использования современных подходов к секвенированию.Образец был взят от венгерской женщины Терезии Хаусманн, которая умерла 25 декабря 1797 года в возрасте 28 лет.
Ее мумифицированные останки были обнаружены в склепе в городе Вак, Венгрия. Когда склеп был открыт в 1994 году, в нем были обнаружены мумифицированные тела 242 человек. Молекулярный анализ образца грудной клетки в предыдущем исследовании подтвердил диагноз туберкулеза и намекнул, что ДНК ТБ очень хорошо сохранилась в ее теле.Профессор Паллен объяснил важность прорыва: «Большинство других попыток восстановить последовательности ДНК из исторических или древних образцов страдали от риска заражения, потому что они полагались на амплификацию ДНК в лаборатории, а также требовали обременительной оптимизации мишени.
Специфические анализы. Прелесть метагеномики заключается в том, что она обеспечивает простой, но очень информативный, универсальный подход без допущений, который работает в самых разных контекстах. Несколько месяцев назад мы показали, что метагеномика позволяет нам идентифицировать штаммы E. coli из образцов фекалий, и несколько недель назад аналогичный подход был продемонстрирован другой группой для получения генома проказы из исторического материала ».Исследование, опубликованное на этой неделе в Медицинском журнале Новой Англии, показало, что Терезия Хаусманн страдала от смешанной инфекции, вызванной двумя разными штаммами бактерий ТБ.
Эта информация в сочетании с работой по современному туберкулезу подчеркивает важность смешанных инфекций, особенно когда туберкулез широко распространен.Профессор Паллен добавил: «Было интересно наблюдать сходство между последовательностями генома туберкулеза, которые мы восстановили, и геномом недавно возникшего штамма в Германии. Это еще раз показывает, что использование метагеномики может быть чрезвычайно эффективным для отслеживания эволюции и распространения микробов без потребность в культуре — в данном случае метагеномы показали, что некоторые линии штаммов циркулируют в Европе более двух столетий ».