Захвачена структура ключевой части смертоносного вируса нипах

«Эта структура показывает, как ключевые части механизма вируса ориентированы и связаны друг с другом», — сказала профессор TSRI Эрика Оллманн Сапфайр, старший автор исследования. "Это часть более крупной программы, направленной на выяснение того, как эти смертоносные вирусы размножаются."
Вирус Нипах — это новый патоген, обнаруженный в Юго-Восточной Азии, особенно в Малайзии, Бангладеш и Индии. Первая вспышка произошла в 1997 году, за ней последовали ежегодные вспышки с повышением уровня смертности.
Переносимый летучей мышью, вирус вызывает лишь легкие заболевания свиней, собак, кошек, лошадей, коз и овец, которые также распространяют болезнь.

Но у людей летальность колеблется от первоначальных 40 до 70, а в некоторых случаях даже 100 процентов. Нет лекарств от вируса и нет вакцин для людей.
«Это самый страшный вирус, о котором вы никогда не слышали», — сказала Джессика Брюн, аспирантка лаборатории профессора Эрики Оллманн Сапфайр TSRI, отметив, что фильм «Заражение», медицинский триллер, вышедший в 2011 году, основан на вспышках вируса нипаха. вирус.
По горячим следам

Брун, первый автор нового исследования, которое недавно было опубликовано в Интернете перед печатью Журналом вирусологии, первоначально разработал это исследование как летний проект в 2012 году для Кэтрин Барнетт, в то время студентки программы SINAPSE, а также соавтора. автор статьи.

Брюн и Барнетт помогли запустить работу по клонированию генов и работе с данными.

Барнетт ушел, чтобы поступить в аспирантуру Гарвардского университета, а Брюн и его коллеги продолжили работу над проектом, сосредоточив внимание на P-белке, ключевом компоненте комплекса репликации вируса, который необходим для репликации вируса его РНК.
«Если вы можете предотвратить образование большего количества РНК вирусом, он не сможет реплицироваться, что является хорошей стратегией для разработки противовирусных препаратов», — сказал Брун.
В рентгеновской кристаллографии ученые манипулируют белком или какой-либо другой молекулой так, чтобы кристалл образовывал. Затем этот кристалл помещают в пучок рентгеновских лучей, которые дифрагируют при попадании на атомы в кристалле.

На основе картины дифракции ученые обычно могут восстановить форму исходной молекулы, но в этом проекте проблема заключалась в интерпретации данных.
К счастью, Брюн посетила семинар по кристаллографии в Чикаго в Аргоннской национальной лаборатории, где она встретилась с экспертами в этой области и изучила новые методы, такие как моделирование ab-initio, которое использует предсказание вычислительной структуры.

Команда использовала программный конвейер под названием AMPLE, разработанный Rutherford Appleton Lab и Ливерпульским университетом, для создания моделей и окончательного определения структуры.
Отголоски других вирусов
Когда ученые решили кристаллическую структуру белка P, они обнаружили, что он образует тетрамер с четырьмя белками, которые соединяются в единое целое.

«Для нас было удивительно, что эта структура так похожа на структуру вирусов кори и паротита, хотя их последовательность идентична всего на 5–26%», — сказал Брун. «Если два белка имеют высокую идентичность последовательностей, то можно ожидать, что они будут иметь похожие трехмерные структуры, но увидеть такое сходство в белках с такой низкой идентичностью было удивительно."

Она сказала, что это говорит о важности структурной консервации над консервацией последовательности — это означает, что независимо от того, имеет ли белок идентичную последовательность аминокислот или нет, структура все равно может быть похожей, особенно когда эта структура выполняет важную функцию репликации геном РНК вируса.
Команда продолжает работать над пониманием вируса и того, почему он так опасен.

Поскольку вирус является патогеном уровня биобезопасности 4, исследователи TSRI могут изучать только его части, но не весь вирус, поэтому ученые сотрудничают с Центрами по контролю и профилактике заболеваний, чтобы изучить роль этой структуры в заражении. Ученые также изучат устранение несоответствий с данными с более низким разрешением, опубликованными группой французских исследователей, утверждающих, что структура представляет собой тример с тремя белками.

Оставьте комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *